安装JDK
emerge --ask virtual/jdk
如果只安装运行环境jre，则使用emerge --ask virtual/jre
由于一些JDK和JRE包括了Sun软件包，需要接受最终用户协议，所以如果其license（dlj-1.1）没有包含在/etc/portage/make.conf中的话，就不能自动安装。为避免受限的license，可以考虑安装icedtea-bin，这个是OpenJDK项目的开源Java实现。
对于在服务器上于行的Java环境，通常不需要GUI，图形，声卡或者打印等功能，则可以安装一个简化版本（也称为headless）JRE，添加USE flag 如下：
virtual/jre headless-awt -alsa -cups
emerge --pretend --verbose virtual/jre
配置java虚拟环境
java-config --list-available-vms
可以显示当前系统安装的JDK版本，并通过如下方式选择（如sun-jdk）
java-config --set-system-vm sun-jdk-1.6
安装Java浏览器插件
eselect java-nsplugin list
设置选择sun-jre-bin
eselect java-nsplugin set sun-jre-bin-1.6
安装IntelliJ IDEA
IntelliJ IDEA，最好的IDE，支持Gentoo Linux的Xfce桌面（实测验证并非需要官方文档要求的KDE或Gnome环境）。
下载 tar.gz 安装包后，解压缩到 /opt 目录下，然后执行程序安装目录的bin子目录下 idea.sh 就可以启动并按照指引初始化环境，之后就可以开始开发工作了。